医药厂房设计不但要考虑功能的实用性，还应具有人性化、科技化及多元化的特性，使医药厂房不仅满足其使用功能，也能体现工业建筑的艺术美，从而赋予了它新的设计理念：
1、绿色设计
指从建筑的原材料、工艺手段、工业产品、设备到能源的利用，从工业的应用到废物的二次利用等所有环节都不对环境构成威胁，绿色设计应摒弃盲目追求高科技的做法，强调高科技与适宜技术并举。
2、洁净设计
洁净设计是强调在生产和使用工程中做到尽量减少废弃物的排放并设置废弃物的处理和回收利用系统，以实现无污染。这是科学持续发展的重要措施，强调对建设用地、建筑材料、采暖空间的资源再生利用，因此要有效的利用资源和能源，实现技术的有效性和生态的可持续发展。
3、节能设计
节能是可持续发展中医药厂房的一个最普遍、最明显的特征。它包括两个方面，一是建筑营运的低能耗，二是建造厂房过程本身的低能耗。这两点可以从一些利用太阳能、自然通风、天然采光及新产品的运用中体现出来。