近年来，我国新建了很多生态工业园区，取得了不错的成就，但是生态工业园区的规划建设也存在一些问题，笔者总结了以下几点：
1、缺乏产业共生，产业集聚效应不明显
生态工业园区规划范围内的各个行业与企业缺乏联系沟通，协作和联合，没有形成整体合力和完整的产业链，更缺乏具有国际竞争力的产业集群式的大企业、大集团。
2、产业定位比较模糊，特色优势不明，规模小，缺乏抗风险能力
很多工业园区都是综合型的工业园区。因为存在产业定位比较模糊的现象，使得在招商引资的时候没有主攻方向，工业园区的产业趋同化现象比比皆是。很多园区以许诺种种优惠条件来争抢投资者，由此造成恶性竞争和恶性循环，失去了应有的经济效益和发展后劲。并且生态工业园区规划范围内的企业普遍规模较小，生产规模小，集中度低，缺乏市场竞争力和抗风险能力。
3、缺乏生态工业理念
在生态工业园区规划的过程中，没有对生态工业理念进行充分地体现，使得生态工业园区规划中缺乏产业链，没有产业共生，产业集聚效应不明显。
4、规划建设随意变更，资源浪费严重
一些生态工业园区从一开始就没有经过科学而严密的规划论证，也没有履行过法定的报批程序，园区分区规划、控制性详规等没有法律效力；也有一些工业园区虽然有分区规划和控制性详规，也通过了当地人代会的讨论并予以批准，具备了法律效力，经过了法定程序，但由于“长官意志”作怪，工业项目及其他配套工程设施的选址布局与建设规模标准，都是由当地领导说了算，有的听任客商提出种种不符合规划、不符合规范的要求；更有个别地方的随意干预和变更规划，存在“领导一动，规划重弄”的现象，使工业园区规划丧失了应有的稳定性、严肃性和权威性。
5、污染大
在生态工业园区规划中，一些化工产业污染物排放量较大，废水排放COD未达标，亟需改善，对生态工业园区的规划建设起到了一定的制约作用。