在对生态工业园区进行系统规划的过程中，主要包括以下三个步骤，即基础资料研究、工业生态系统设计和组织运行模式探究。
1、应认真的分析工业园区的发展状况，综合性研究园区的工业、环境及产品技术能力，以市场需求为导向，合理的设定园区产业结构，明确主导产业，制定出最优化的生态链。
2、还需要进行系统性的设计，对该园区内的生态系统功效、运行流程进行考察，保证企业生产活动间的联系性，循环利用各种资源，减少最终废弃物的排放。
3、还要设计规范化的生态工业园区的组织运行模式，借鉴其他生态工业园的成功设计模式，应用一体化的管理方法，加强园区内部企业间的沟通和联系，有效的降低成本费用投入，提高经济效益。