随着社会发展，村级工业园产业低端、土地利用低效、发展粗放、环保安全隐患等问题越来越突出。2018年2月，广东省国土资源厅修订《广东省土地利用年度计划管理办法》规定：对珠三角不再下达普通计划指标，除原有的省级立项的重大基础设施外，将原来专项下达给各地的精准扶贫、体育设施、农村新产业新业态、农民住房等民生设施项目专项用地计划指标全收回由省级计划指标统筹保障。这一政策，促使土地资源极度紧缺的珠三角城市加紧推进村级工业园改造，这对盘活低效产业用地资源，推动城市高质量发展，具有重要的意义，但是，也需要面对村级工业园改造的4大问题：
1、村级工业园改造融资比较难
工业园区改造需要投入巨额资金，要依靠政府财政资金撬动社会资金参与。目前村级工业园改造资金来源主要有3种情形：区或镇公有资产出资、园区权利人出资、非园区权利人以赢利为目的参与改造的社会资本。三种资金都存在融资难问题：
1）区或镇融资平台公司以公有资产及其融资参与园区改造，受财政政策和资金使用性质的严格限制，难以满足园区改造巨大的资金需求。
2）村集体融资，往往因园区土地建筑欠缺产权手续而难以作为抵押质押物获得金融机构授信审批；村民对大规模融资进行园区改造表决多持犹疑态度；园区企业作为园区权利人，受土地厂房租赁期和投资回报的影响，一般也怠于融资改造。
3）企业实体以赢利为目的参与改造的融资，因项目回收期长、盈利预期不明确、退出补偿机制细化不足、园区土地建筑产权手续欠缺难以采取项目融资，民营、外资等企业融资参与改造的积极性受阻。
2、工业园区权利人的改造意愿偏低问题
工业园区权利人主要包括村集体、村民、园区内企业，村集体是园区集体土地所有权人，部分村民是园区土地的使用权人以及园区厂房的业主，因此，村集体及村民的改造意愿是决定工业园区改造得以启动的关键。客观来说，政府主导下的园区改造能提升其市场价值，会为村集体和村民带来客观利益，依常理，村集体和村民对政府的改造政策应该会予以积极的支持，但在园区改造中“政府主动、村集体和村民被动”现象十分普遍，村集体和村民对园区的改造意愿整体偏低：
1）部分村集体和村民因园区厂房已在租或使用，收入有保障，因而对园区改造消极对待，部分村民认为镇街政府有政治任务，急于改造，因而产生“拖延改造，争取更多政府补助奖励”的博弈企图。
2）不同改造类型对不同权利人利益回报差异大，村集体和村民对经济效益不确定的“工改工”和无经济效益的“复耕复绿”两类改造回避甚至抵触，而“工改商住”模式又与规划不符，因而对改造采观望态度。
3）由于“三旧”改造对手续不全的土地和厂房提供了完善手续的机会，部分村集体对完善手续心存幻想，而以拖延改造的方式争取获得更多补偿。
4）部分园区确实存在升级改造投入大、改造期较长、企业赢利空档期流失、回收时间长且存在不确定性问题。
3、村级工业园区土地连片整合推进未如预期
将规模小、土地零碎分散的数个村级工业园，整合为连片大地块园区，利于今后承载大项目，打造发展大平台，提高规模效益，但总体上看，村级工业园区土地连片整合推进未如预期：改造预期利益明显的“混合开发”式连片整合，项目推进力度相对较大；改造预期利益不明显“工改工”类的“跨园区跨村”连片整合不多、“跨区跨镇街”的大规模连片整合尚未有出现。其原因包括：
1）连片整合涉及用地权属更复杂，权利主体更多，利益分配协调更难，其中跨行政区的连片整合还会涉及不同行政区域之间的GDP分配、用地指标分配、排污指标分配、税收分担、整合成本分担、利益分成等问题。
2）利益激励政策不明显，政府核定的土地连片整合成本、补偿标准与单个园区改造相差不大。
3）政策对连片整合缺乏相关规则，连片改造路径未明，部分相邻园区用地涉及控规局部调整，按照现有政策和规划无法整合。
4、村级工业园区改造后的管理机制有待创新
在园区管理上，村级工业园主要采取传统园区管理模式，即村民自治下的村集体管理或由村集体委托物业公司进行管理，而行政职能部门则依国家法律法规行使国土、环保、安全、工商管理等各项行政权，附之以联合执法或运动式行政执法。由于行政执法对园区来说具有外部性，容易导致行政管理部门与村集体和村民关系的紧张，管理成本高但效果却未必理想。村级工业园成功改造后如何重构管理体制，是村级工业园区改造不容回避的问题。