现代农业园的规划是一项系统性的工作，它与传统的农业园以及其他类型的产业园的规划具有明显的不同，在同类规划中具有鲜明特色，同时也具有挑战性。
1、现代农业园规划面临非农化发展
由于各类要素集聚，在实践中，现代农业园的规划经常出现以农业园为名实施非农化发展。因此规划定位是需要首先界定以农业为基础的发展特点、发展阶段和规模，确定园区各个阶段的发展目标，明确发展的方向路径。农业园应防止非农化，促进中小农户与现代农业产业的过渡衔接，完善利益联结机制。
2、现代农业园规划面临同质化问题
在实践中，现代农业园区往往面临同质化的问题，在具有类似资源禀赋的地区重复建设，这导致了园区竞争力薄弱，难以形成差异化和创新。在规划中，应认真分析园区的资源禀赋，善于引入新技术，提升农业产业链条的附加值。
3、规划缺乏长远目标
由于农业园产业链条偏短，在实践中，现代农业园区的规划多以近期目标为主导，长远方面园区的发展方向和市场定位缺乏认真研究。需要结合区域发展的战略目标，认真研究上位规划、行业发展数据、当地的产业现状、市场情况、社会条件等。在此基础上进行分析和综合研判，提出该现代农业园的发展战略，制定园区发展的长远目标。在产业链方面，适度超前规划产业链条，增加产品深加工和创新性关键环节。
4、各类要素在现代农业园的融合深度不足
农产品的链条短，与工业知识密集型、技术创新型高附加值的科技园比相对发展缓慢，各类要素融合的深度不足，这限制了现代农业园的内生动力；由于农村土地开发的政策，金融资本较难与农业园深度结合，缺乏资本的融合支撑是现代农业园发展面临的瓶颈之一。
5、以政府导向为主，缺乏良好的市场化经营机制
在实践中，各地的农业园均以国家级、省级、市级“三级联创”为发展目标，这导致现代农业园的市场化不足，使得管理运行机制不灵活，园区经营理念较为保守。政府的引导支持资金、各项优惠政策是现代农业园发展的重要支撑，同时在政府支持的基础上，也需要进行市场化运作。应引入现代企业管理制度，建立市场化的管理团队，提升管理和运营效率，提升农业园的市场竞争力。在此基础上，引导社会力量参与产业园的运营发展。