近年来，生态建筑设计的理念深入人心，但由于其发展的历史并不长，因此其应用经验并不多，很多方面都还处在研究和探索阶段，使得生态建筑设计并不能够完全地深入下去，给生态建筑实际设计效果的实现带来了一定的困难。
1、理论没有联系实际运用
生态建筑设计理论的最终得出，还是需要建立在总结实践经验的基础之上，并且需要注意结合特定的情境展开特殊的设计，因此在实际应用生态建筑设计理念的过程中，应当十分注意的是设计应当结合城市建筑的实际情况，注重将理论与实际充分结合起来。但是由于当前很多生态建筑设计师并没有深刻地认识生态建筑的设计理念，最终使得很多生态建筑的设计理论，不能够很好地和实践结合起来，具体表现在2个重要的方面：
1）没有很好地去研究建筑设计理论，没有达到对建筑设计理念的深刻认识，从而使得在实际设计的过程中，缺乏科学规范理论的指导。
2）很多生态建筑设计对理论的应用，是完全照抄照搬的，并没有结合实际的城市建筑的基本情况，这往往使得实际的设计效果与实际不符。
2、生态建筑理念意识不强
在实际的生态建筑的设计过程中，充分应用现代生态建筑设计理念来有效实现建筑与周围自然生态环境的有机融合，然后在此基础上来充分利用自然环境的自我调节能力，最终实现延长建筑寿命、为人们创造良好的居住环境的有效目的！但是在实际的建筑设计过程中，由于很多建筑设计师并没有完整的生态建筑设计理念，也没有很好地对城市建筑的实际情况有较为深刻的理解，这就使得生态建筑设计的最终结果没有达到一定的深度，很多的设计仅仅停留在表面上，譬如建筑设计只是在建筑物周围种植一些花花草草就可以了，这虽然可以有效增强建筑设计的自然形态，但是整体上来说没有达到深层次的设计目的，最终将设计的结果落实到实践中也没有能够起到很好的效果。
3、现代化程度不高
随着现代建筑行业的不断发展，也逐渐推动了现代建筑技术的不断发展，这些现代建筑技术在生态建筑设计中的重要应用，有利于促进设计的智能化与安全化。在实际的城乡规划设计中，应当注意将更多的现代化建筑设计融入其中，例如计算机技术、智能技术等，从而最终实现城市建筑的高效性和节能型，这也有利于促进资源的循环利用，实现对自然资源的保护。但是根据实际的应用情况，当前的生态建筑设计对现代化建筑设计技术的应用还是较少的，这就使得很多生态建筑设计并没有达到较高的现代化水平，因此也需要建筑设计师不断提高自己的设计水平。